財政部高雄市國稅局表示，夫妻分居者在申報綜合所得稅時，常會因不知對方所得狀況而無法將其所得一起申報，雙方雖已於申報書上註明「已分居」字樣，惟稽徵機關核定時，仍會將夫妻所得合併歸戶計算，致所得合併歸戶後，會有因稅率級距變動而應再補徵稅款，或有漏報所得而被裁處罰鍰之情事發生。
國稅局表示，上述補徵稅款或裁處罰鍰之繳款書，稽徵機關會以合併歸戶後之全部應納稅額，按個人所得總額占夫妻所得總額比率計算，減除其已扣繳及自繳稅款後，再分別開立稅單補徵；至於漏報所得裁處罰鍰部分，則按個人漏報應罰所得總額占夫妻漏報應罰所得總額之比率分別開單裁罰。
該局呼籲民眾如有夫妻分居情事，申報綜合所得稅時，仍應將配偶之姓名及身分證字號書寫清楚，並註明「已分居」，以維權益。