台北市國稅局表示，公司申報盈虧互抵時，必須使用藍色申報書或經會計師查核簽證，否則認列前五年的核定虧損，將遭國稅局剔除補稅。

依所得稅法第39條規定，公司組織的營利事業需有完備的會計帳冊簿據，虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，才可適用盈虧互抵。

台北市國稅局查核甲公司93年度營利事業所得稅清算申報時，發現甲公司列報前五年核定虧損，在93年度申報扣除額2,000萬餘元，但甲公司清算申報未委託會計師簽證，與所得稅法第39條規定不符，國稅局剔除甲公司認列的前五年核定虧損，核定應補繳稅款。

甲公司不服，提起行政救濟，主張其辦理更正清算申報，且經會計師簽證，可適用虧損扣除規定，但台北市國稅局及行政法院等受理行政救濟的單位都認為，甲公司當初辦理清算申報時，未委託會計師查核簽證申報，因此已經核定屬於普通申報案件，雖然後來甲公司又發現有其他的課稅收益，因此辦理更正清算所得時，有依法委託會計師查核簽證，但已無法改變甲公司辦理清算申報時，屬於普通申報案件的事實。

台北市國稅局呼籲，公司若要列報前五年虧損扣除額時，虧損及扣抵年度的所得稅申報，應確實依所得稅法第39條規定辦理，一經課稅核定後才更正，為時已晚。