公司若要列報前五年核定虧損扣除額，應先減除免計入所得額的投資收益，再以餘額盈虧互抵，以免被補稅罰款。

南區國稅局指出，依據統計資料，公司行號每年度的營利事業所得稅結算申報，委託會計師查核簽證案件，呈現逐年增加的趨勢，以南區國稅局轄區最近三年案件為例，每年約增加3%，顯示稅法給予會計師簽證申報案件獨享的一些租稅優惠，陸續吸引業者的目光，其中又以會計師簽證申報案件可享受盈虧互抵優惠，最具節稅效果。

南區國稅局指出，目前稅法准許適用盈虧互抵的範圍，限於藍色申報或會計師簽證申報案件，申請適用盈虧互抵時，虧損年度如取得投資收益時，應先扣除投資收益後再以餘額列報盈虧互抵。因為所得稅法第42條規定，投資收益不計入當年度所得課稅，如未先將投資收益加回，將虛增可扣除虧損金額，基於課稅公平原則，公司在適用盈虧互抵規定時，應將免稅的投資收益自核定虧損項下減除。

南區國稅局查核時發現，經營休閒用品製造的甲公司自90年開業後，各年度所得稅結算申報都委託會計師查核簽證申報，95年度列報全年所得額1,200萬餘元，前五年虧損扣除額500餘萬元，課稅所得額700餘萬元。甲公司表示，93年及94年間正值公司經營的轉型過度期，分別產生虧損300萬餘元及200萬餘元，申報虧損也獲得國稅局核定，因此甲公司要求在95年度扣除93及94年度的核定虧損數共計500萬餘元。

但國稅局核對課稅資料發現，甲公司在93年度雖經國稅局核定虧損300餘萬元，但同年亦取得乙公司發放的股利100萬餘元，甲公司93年度可列為扣除的虧損只有200餘萬元。