財政部臺北市國稅局表示，依所得稅法第39條規定，公司組織之營利事業需會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用第77條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，方可適用盈虧互抵。
該局查核某公司93年度營利事業所得稅清算申報時，發現其列報前5年核定虧損本年度扣除額2千餘萬元，經該局以其清算申報未委託會計師簽證，與所得稅法第39條規定不符，乃否准認列前5年核定虧損本年度扣除額，核定補繳稅款。公司不服，申請復查主張其辦理更正清算申報，且經會計師簽證，可適用虧損扣除規定，經該局復查決定以，該公司辦理清算申報時，未委託會計師查核簽證申報，核屬普通申報，經核定在案。嗣該公司發現有依所得稅法規定課稅之收益，辦理更正清算所得時，復委託會計師查核簽證，此情形尚難改變該公司辦理清算申報時為普通申報之事實，自無扣除經稽徵機關核定前5年內各期虧損之情事，原核定前5年核定虧損本年度扣除額0元，並無不合等由，駁回其復查之申請。該公司行政救濟程序至最高行政法院仍遭駁回。