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財政部表示，為配合財團法人中華民國會計研究發展基金會發布財務會計準則第39號公報「股份基礎給付之會計處理準則」及96年10月12日第266號函「企業以庫藏股票轉讓與員工之會計處理疑義」規定，自97年1月1日起，公司依證券交易法及公司法規定購回其股份轉讓予本公司員工者，應予費用化，爰就前開費用化之課稅規定，予以核釋，以利一般營利事業遵循適用。
　　財政部說明，公司依證券交易法及公司法規定，購回其股份轉讓予本公司員工，係公司為取得員工勞務，而以權益商品（庫藏股認購權）為對價之股份基礎給付交易，其會計處理與公司發行員工認股權憑證予員工，且以發行新股履約者相同，故公司依上開第39號公報及第266號函規定計算之費用，其課稅應參照財政部97年6月11日台財稅字第09704515210號令有關公司發行員工認股權憑證費用化之課稅規定辦理。
　　財政部進一步指出，依營利事業所得稅查核準則第30條第4款第3目規定，有關庫藏股交易溢價列入資本公積部分，免予計入所得額課稅，故有關公司庫藏股交易折價部分，基於衡平考量，亦不得包含於薪資費用內自所得額減除，以免使原依所得稅法第4條之1規定不得減除之證券交易損失，藉由薪資費用列支而得減除。因此，公司依「上市上櫃公司買回本公司股份辦法」第10條之1規定，以低於實際買回股份之平均價格轉讓予員工，如無既得期間者，應於認列薪資費用之年度，以每股折價（即員工認購價與公司買回價之差價）乘以員工實際認購股數計算之折價總額，列為該年度之其他收入課稅；如有既得期間者，應於既得期間屆滿年度，以每股折價乘以員工實際認購股數計算之折價總額，列為該年度之其他收入課稅(詳附釋例)。前開所稱既得期間，係指員工為有權取得公司權益商品而必須達成符合雙方協議所有條件之期間。

釋例：
甲公司於97年11月至12月間買回庫藏股票2,000股，以獎酬員工，平均每股買回價格為10元。98年10月20日董事會宣告以每股8元轉讓予員工2,000股，當日股票收盤價為每股20元，該低價轉讓認股權採選擇權評價模式估計之每單位公平價值為12元。甲公司轉讓予員工總股數2,000股，員工認股之繳款截止日為98年11月15日。
課稅處理：
一、公司應於98年10月20日，以該低價轉讓認股權採選擇權評價模式估計之公平價值總額（2,000×12元＝24,000元），認列為公司薪資費用。
二、公司應於98年11月15日（員工認股之繳款截止日）確認員工實際認購股數後，以每股折價（員工認購價與公司買回價之差價，即公司出售庫藏股之證券交易損失）乘以員工實際認購股數計算之折價總額，即（10元－8元）×2,000＝4,000元，列為98年度之其他收入課稅。