財政部臺灣省北區國稅局表示：營業人依促進產業升級條例第9條之1規定進口免徵關稅及營業稅之機器、設備，於轉讓或變更用途後，未依關稅法第55條規定之期限內向海關申辦補稅，該經查獲而由海關依促進產業升級條例第9條之1第2項前段規定補徵之營業稅，參照加值型及非加值型營業稅法(以下簡稱營業稅法)施行細則第30條規定，統一發票扣抵聯經載明「違章補開」者，不得作為扣抵銷項稅額或扣減查定稅額之憑證。但該統一發票係因買受人檢舉而補開者，不在此限。
該局說明：依財政部97年3月26日台財稅字第09700156820號函規定，營業人經查獲而由海關依促進產業升級條例第9條之1第2項前段規定補徵之營業稅，不得作為扣抵銷項稅額。及營業人進口貨物，經查獲短報進口貨物價值並觸犯營業稅法第51條規定者，如經認屬違章案件，則海關對其補徵所繳納之營業稅款，亦不得提出申報扣抵銷項稅額。
該局進一步說明：營業人進口減免關稅之進口貨物，於轉讓或變更用途時，未依關稅法第55條規定期限內申辦補繳營業稅，嗣經查獲補徵之營業稅案件，及營業人進口貨物，經查獲短報進口貨物價值，並觸犯營業稅法第51條規定，涉及違章而以處分書方式追繳稅款案件，海關對其所核發是類「海關進口貨物各項稅款繳納證（補稅專用）」或「海關進口貨物稅費繳納證兼匯款書」之進項憑證，不得提出申報扣抵銷項稅額。
