債券前手息的官司，對金融業的影響相當大，而且幾乎包括銀行、票券、壽險、券商等金融業，全部有被補稅的例子，例如，中華開發在八十五年營所稅申報案，被補課八千五百萬元、統一證券在八十三年的申報案中也被補課八千五百萬元、中興票券則在申報八十五年案件中，也被補課二億三千萬元，南山人壽申報八十五年營所稅，也被補課二千零三萬元，且在高等行政法院中，業者均被判敗訴。
　　這類債券前手息的課稅爭議，是起源於債券利息課稅中，個人和法人的課稅方式不同，個人是依實際領息者為課稅對象，而法人則是以權責發生制的精神，依持有債券期間計算利息收入課稅。
　　由於這項課稅差異，使得債券交易出現租稅規劃空間，即個人持有債券在領息日前一天，以溢價方式，將債券賣給法人，則個人因未實際領息，即不用課稅，而法人因僅持有債券一天，所以只須就一天計算利息收入課稅，但因利息扣繳稅率為一○％，法人領息時，其中即含有這筆扣繳稅款。稅捐機關認為，法人只列報一天利息收入，但卻拿全部債券利息的扣繳稅款扣抵營所稅，並不合理，這些扣抵稅款，是屬於債券前手息者所有，因而對金融業展開補稅作業。
　　在本案中，萬通票券申報八十五年的營所稅時，其中有二千八百九十萬元扣繳稅款，被台北市國稅局剔除，國稅局的理由是，這部分扣繳稅款，是屬於債券前手所有，則萬通票券既未將債券前手利息列為所得課稅，則前手息中所含的扣繳稅款，依實質課稅原則，即不得由萬通票券拿來扣抵應納的營所稅。
　　最高行政法院判決指出，憲法第十九條規定，人民有依法納稅的義務，但法律所訂的事項若與權利義務相連者，則不得任意割裂適用，依照所得稅法八十八條的規定，利息應於給付時，扣繳稅款，並向國庫繳納；同時依照所得稅法第七十一條、第九十九條及第一百條的規定，扣繳稅款在結算申報時，納稅人可以拿來抵繳應納稅額，這項規定就屬於權利與義務相互關連的規定，不容割裂適用。
　　最高行政法院判決表示，本案中，萬通票券為最後持票人，所領的債券利息被依法強制課以須扣繳稅款的義務，但在結算申報時，台北市國稅局又主張萬通票券不是這筆扣繳稅款的實際納稅義務人，反而採取實質課稅原則，不准萬通票券以這筆扣繳稅款，抵繳應納稅額的權利，等於是對同一所得，權利與義務關連的事項，做不同認定，並且均以不利萬通票券者為準，顯然有割裂適用法律，與司法院第三八五號解釋文規定有違，即有可議。
　　最高行政法院進一步指出，本於租稅法律主義的精神，扣繳稅款既為法律上明定納稅義務人的租稅抵稅權，除法律有特別規定外，自不得以實質課稅為由，不准納稅義務人抵繳應納的稅額，最高行政法院判決台北市國稅局敗訴，並直接撤銷台北市國稅局的課稅處分。

 

政部表示，將於近日核釋有關營利事業從事債券附條件交易，交易一方依承作金額，按約定利率、持有期間及規定扣繳率代扣之稅款，與交易對方依票面金額，按票面利率、持有期間及規定扣繳率計算得自營利事業所得稅結算申報應納稅額中減除稅額之差額，非屬所得稅法應認列之損益。
　　所得稅法第14條之1及第24條之1於96年7月13日公布施行後，債券交易無論採買賣斷方式或附條件交易方式，買受人均應以出賣人持有債券期間，依票面金額及票面利率計算之利息收入按10％扣繳率代扣前手息稅款，而出賣人如為營利事業，則依票面金額、票面利率、持有期間及10％扣繳率計算得自營利事業所得稅結算申報應納稅額中減除之稅額。惟據了解，債券交易商從事債券附條件交易，實務上係按承作金額、交易雙方約定之利率及持有期間代扣交易相對人前手息稅款，而交易相對人該項實際被代扣之稅款，與其依票面金額、票面利率、持有期間及10％扣繳率計算得自營利事業所得稅結算申報應納稅額中減除之稅額間存有差額，該項差額非屬所得稅法第24條規定應列入損益計算之項目。
　　財政部指出，營利事業於申報96年度營利事業所得稅結算申報時，如已辦理結算申報而將上開差額列為損益項目者，請向該管稽徵機關辦理更正。