外國國際運輸事業自我國境內承運出口客貨所收取的運費收入，是屬於中華民國來源所得，必須依我國稅法繳納所得稅，當國外運輸事業在我國境內無分支機構或營業代理人者，就是由給付人（即國內營利事業）在給付運費時，依照規定扣繳稅款，以完成國外運輸事業的納稅義務。
至於扣繳稅款到底如何計算呢？該局說明，除適用租稅協定之國家外，其餘有下列兩種計算方式：
（一） 直接按運費的20﹪計算應扣繳稅款。
（二） 向財政部申請（現行受理機關為國稅局）並獲核准適用所得稅法第25條規定者，先以運費的10﹪計算出所得額後，再按所得額之25﹪計算應扣繳稅款。
另外，給付人未依規定扣繳稅款被查獲時，如其在國稅局通知限期內辦理補繳及補報者，按應扣未扣稅款處1倍罰鍰，反之，則處3倍罰鍰。
國稅局舉例說明，如國內甲公司委託國外乙公司運送產品至國外，甲公司給付乙公司運費1,000萬元，如屬上述第（一）種情形者，甲公司需扣繳稅款200萬元【1,000萬×20﹪】，如屬第（二）種情形者，則先計算出乙公司的所得額為100萬元【1,000萬×10﹪】，甲公司需扣繳稅款25萬元【100萬×25﹪】；如甲公司均未依規定扣繳，除需補扣稅款外，還需分別按應扣繳稅款200萬元及25萬元，處1倍或3倍之罰鍰。
由於多數營利事業並不了解上述稅法規定，南區國稅局基於簡政便民及愛心辦稅之考量，因此在今年初特別訂定2個月的輔導期間，即自97年2月15日起至97年4月15日止，營利事業在輔導期間自動辦理5年內核課期間案件之補報者，即使以前未經核准適用所得稅法第25條之規定，也一律准予從寬採用上述第（二）種方式計算應扣繳稅款，同時免受1倍或3倍之處罰，只需處應扣繳稅款之20﹪罰鍰，但最高不得超過22,500元，最低不得少於1,500元。輔導期滿後，該局將展開全面清查，一但營利事業被查獲未依規定扣繳稅款者，已不能適用輔導期間的從寬措施，將必須完全依照稅法規定補稅及處罰。