營利事業於辦理年度營利事業所得稅結算申報後，仍應妥為保存帳簿憑證以備查核，以免被稽徵機關依財政部頒訂同業利潤標準淨利率核定，而予補徵稅額。
該局說明，轄內某公司93年度營利事業所得稅結算申報，原列報營業虧損，該局以納稅人無法提示帳簿及憑證供核，依所得稅法第83條規定，按同業利潤標準淨利率5%核定營業淨利為500萬元。納稅人不服，申請復查，主張其因遭受不可抗力災害，相關營運帳冊遭竊遺失，致無法依限提示，應按前3個年度核定純益率之平均數核定。經該局復查決定以，納稅人雖然提示縣政府警察局函復該公司遭竊遺失營運帳冊准予備查之書函，惟其因非屬遭受不可抗力之災害或有關機關因公調閱，以致滅失者，自無按前3個年度經稽徵機關核定純益率之平均數核定之適用，仍維持原核定。納稅人未甘服，提起訴願，仍遭駁回，提起行政訴訟，經高雄高等行政法院判決略以，原告既自承營運帳冊係遭竊而遺失，始無法提示帳證供核，顯並非屬遭受所得稅法施行細則第10條之1第1項規定所指之地震、風災、水災、旱災、蟲災、火災及戰禍等不可抗力災害以致滅失，自無營利事業所得稅查核準則第11條第2項前段規定，按前3個年度經稽徵機關核定純益率之平均數核定其所得額之適用，駁回原告之訴，上訴最高行政法院，亦遭裁定駁回而告確定。