綜合所得稅納稅義務人未依所得稅法規定辦理結算申報，而經稽徵機關調查，發現有依規定課稅之所得額，除補徵稅款外，應處以所漏稅額3倍以下的罰鍰。但是如果在未經檢舉及未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前，自動提出補報者，除補繳稅款外，應就補繳之稅款加計利息一併徵收，可免予處罰。

綜合所得稅納稅義務人已依所得稅法規定辦理結算申報，但依規定應申報的所得額有漏報或短報情事，除補徵稅款外，應處以所漏稅額2倍以下的罰鍰，如故意以詐欺或其他不正當的方法逃漏稅者，尚應移送法院依刑法處斷。如納稅義務人有短漏報所得，在未經檢舉及未經稽徵機關或財政部指定之人員進行調查前，自動提出補報者，除補繳稅款外，應就補繳之稅款加計利息一併徵收，可免予處罰。

納稅義務人未在期限內繳納稅款，每超過2日，按應繳的稅額加徵1％滯納金。超過30日仍然沒有繳納的，由稽徵機關移送法院強制執行，其應繳納的稅款和滯納金，應自滯納期滿之次日起至納稅義務人繳納之日止，依臺灣郵政股份有限公司1年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併徵收。

１、除限期責令補繳應扣未扣或短扣之稅款及補報扣繳憑單外，並按應扣未扣或短扣之稅額處1倍的罰鍰。

２、未於限期內補繳應扣未扣或短扣的稅款，或仍不按實補報扣繳憑單者，按應扣未扣或短扣的稅額處3倍的罰鍰。

３、 扣繳義務人已於期限內補繳應扣未扣或短扣之稅款，未在期限內補報扣繳憑單，於裁罰處分核定前已按實補報者，按應扣未扣或短扣之稅額處1.5倍之罰鍰。

４、 扣繳義務人已於期限內補報扣繳憑單，未在期限內補繳應扣未扣或短扣之稅款，於裁罰處分核定前已按實補繳者，按應扣未扣或短扣之稅額處1.5倍之罰鍰。

５、扣繳義務人以詐術或其他不正當方法匿報、短報或不為扣繳稅捐者，得依稅捐稽徵法第42條規定，移送法院處5年以下有期徒刑，拘役或科或併科新臺幣6萬元以下之罰金。

扣繳義務人於給付各類所得時，如已扣取稅款，但未依規定期限向公庫繳納稅款者，每逾兩天加徵1％滯納金，逾30日仍未繳納者，移送法院強制執行。扣繳義務人侵占已扣繳之稅款，除了追繳已扣繳的稅款外，還要依照稅捐稽徵法第42條規定，處5年以下有期徒刑、拘役或科或併科6萬元以下罰金。

１、已依規定扣繳稅款，並向公庫繳納，但未依法定期限按實填報或填發扣繳憑單，除限期責令補報或填發外，應按扣繳稅額處20％之罰鍰。但最高不得超過2萬2,500元，最低不得少於1,500元。逾期自動申報或填發者，減半處罰。

２、限期責令補報或填發而仍不依限按實補報或填發者，按扣繳稅額處3倍的罰鍰。但最高不得超過4萬5,000元，最低不得少於3,000元。

３、經限期責令補報或填發扣繳憑單，未在期限內按實補報或填發，於裁罰處分核定前已按實補報或填發者，按扣繳稅額處1倍之罰鍰。

４、 非中華民國境內居住之個人，或在中華民國境內無固定營業場所之營利事業，有所得稅法第88條第1項規定之各類所得時，扣繳義務人如未於代扣稅款之日起10日內申報扣繳憑單，而於次年1月底前已自動申報者，按應扣繳稅額處5％之罰鍰。

５、 營利事業解散、廢止、合併、轉讓或機關、團體裁撤、變更時，扣繳義務人如未於10日內申報扣繳憑單，而於次年1月31日前已自動申報者，按應扣繳稅額處5％之罰鍰。