部分中小企業於公司設立初期，因成本考量帳務委外處理，再加上不正確的節稅規劃，往往易形成對外稅務申報與公司實際營運結果不同的情形，即俗稱之「兩套帳」（「財務帳」與「稅務帳」），而當公司經營有成、業務蒸蒸日上才發現兩套帳如南轅北轍、財務稅務問題日漸衍生，動輒得咎，不知從何下手處理的窘境。

一家公司除非規模小，由企業負責人親力親為，否則就必須建立基本的內部控制，才能達到控制之效，但當公司兩套帳時，有效的內部控制是不能也無法執行的，可能因部分收入不列稅務帳，所以出貨單或發票單據就無法續號開立，另因公司對外帳務（稅務帳）未充分反映實際經營狀況，造成銀行融資困難，更存有員工反噬的風險。

一、常見兩套帳形成原因及情形如下：

1. 以公司資金進行大股東個人之大陸或海外轉投資。

2. 財務帳以集團（即多家公司）觀念或公司與大股東財務未區分，進行合併記載。

3. 無存貨成本結算制度。

4. 以是否取得稅務憑證為入帳基礎，致部分費用未入帳，如佣金。

5. 銷貨受限於客戶端要求，發票無法如數開出。

6. 帳務委外處理，但因公司規模及營業日趨複雜，外部非專職記帳人員無法詳實登載。

二、如何進行兩帳合一呢？

1. 帳務改由公司人員自行登載

當公司規模趨大，帳務整合的第一步應將原委外帳務改由公司會計人員自行登載，才易進行整合調整及逐一登載記錄實際交易情形。

2. 分析兩套帳差異金額及辨認產生差異主要原因

擇定基準日進行財務帳與稅務帳差異數計算及分析，在做差異比對前，要確認兩套帳皆已依原登載方式將所有基準日前交易完整登載，再與熟悉公司組織架構及業務之人員、財務帳登載人員討論公司營運模式及內帳（即財務帳之俗稱）登載方式後，找出可能形成兩套帳原因。依所找出可能形成原因與已計算之兩帳差異數進行合理性分析確認。

3. 整理各項資產負債實際數量及金額

以整帳公司之法律主體，進行資產負債實際數確認，必須在法律觀念上屬整帳公司之資產負債，方予列入，另實體資產（如存貨、固定資產）應進行盤點，以利確認；整理過程中應將非屬整帳公司之資產負債另行列表區分。

4. 處理差異

稅務帳與上述3所整理之資產負債實際數及公司所需或擬整入帳務補登之資產負債數這三者差異大，必須以稅務帳為主軸進行帳務補登、資產購入、報廢及增減資等適法作業調整。

5. 解決問題

兩套帳之所以形成，除大股東以往之錯誤節稅觀念外，大多存在以公司管理當局本身經驗或專業無法解決之問題，如大陸投資超限、成本結算制度未建立等，此時則有賴外部專業人員協助來解決，才能避免帳務整合後再發生。