營利事業之存貨必須採用永續盤存制或零售價法才能列報商品盤損，而且應於事實發生後15日內檢具清單報請轄區稽徵機關調查，或經會計師盤點並提出簽證報告，經查明屬實者始可認定。另外如依商品之性質，可能發生自然損耗、變質或滅失情事而無法提出證明文件，但如會計制度健全，經實地盤點結果，其商品盤損率在1%者，也可以認定。
該局舉例說明，營利事業如申報商品盤損，雖盤損率在1%以下，但因為商品之性質並非可能發生自然損耗、變質或滅失者，其所列報之商品盤損，如未於事實發生後15日內檢具清單報請該局調查，或經稅務代理人盤點並提出報告，經查明屬實者，將會遭到剔除補稅。