一、因合併而消滅之公司，應於主管機關核准合併文書發文日起45日內，向所轄稽徵機關辦理當期決算申報並繳清應納稅款，而決算之當期期間終止日，為公司董事會決議所訂定之合併基準日。其股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表亦應併同當期決算辦理申報。
二、未分配盈餘之申報，應由合併後存續或另立之公司，以消滅公司名義，按當期決算所得額及前一年度之盈餘所屬年度，分別代為填寫及辦理申報；申報期間為各該所得年度辦理結算申報之次年5月1日至5月31日止。
三、決算年度扣繳憑單及股利憑單之開立及申報，應於截至合併日止10日內辦理完成。
該局特別提醒，由於因合併而消滅之公司，與合併後存續之公司，在合併前係屬分別獨立之營利事業，故合併後存續之公司，於辦理消滅公司之未分配盈餘申報時，應與其本身之未分配盈餘分開計算並分別辦理申報。