營業人詢問，設有總、分支機構之公司，欲採用總機構總繳營業稅時，究應向總機構所在地之稽徵機關申請？抑須向各個分支機構所在地之稽徵所個別申請？依加值型及非加值型營業稅法第38條第2項規定，依第4章第1節規定計算稅額之營業人，得向財政部申請核准，就總機構及其所有其他固定營業場所銷售貨物或勞務，由總機構合併向所在地主管稽徵機關申報銷售額、應納或溢付營業稅額。故係由總機構向其所在地國稅局分局、稽徵所申請，如經核准，將由總機構所在地國稅局分局、稽徵所應通報各分支機構所在地國稅局分局、稽徵所辦理異動，免由各分支機構分別申請。
 該局舉例說明，甲公司於臺北市設立總公司，另於臺中市、臺南市及高雄市各設立分公司，甲公司欲採總機構合併總繳營業稅時，應由甲公司向財政部臺北市國稅局分局、稽徵所申請，如經核准，將副知各地區國稅局，則甲公司接獲核准函後，次期起即可合併臺中、臺南及高雄各分公司之申報銷售額、應納或溢付營業稅額，申報當期營業稅。