自95年1月1日起，個人出售未上市、未上櫃及非屬興櫃公司之股票或私募證券投資信託基金之受益憑證，應將其交易所得計入個人基本所得額，其交易有損失者，得自當年度交易所得中扣除，當年度無交易所得可資扣除，或扣除不足者，得於發生年度之次年度起3年內，自其交易所得中扣除。另所得基本稅額條例係自95年1月1日起施行，94年12月31日以前之有價證券交易，自不適用該條例之規定，故94年12月31日以前發生之有價證券交易損失，亦不得自95年1月1日以後之有價證券交易所得中扣除之。
該局進一步說明，個人同一年度內所出售之上述股票或私募基金之受益憑證應盈虧互抵後，計算出當年度之有價證券交易為所得或損失。且如果同一年度申報戶內有兩人以上從事有價證券之交易，不同人間之有價證券交易所得和有價證券交易損失，也是可以盈虧互抵的。
另外，該局表示，依所得基本稅額條例第12條第3項暨財政部96年9月17日台財稅字第09604541290號釋函規定，上述有價證券交易損失之扣除係以損失及申報扣除年度均以實際成交價格及原始取得成本計算損益，並經稽徵機關核實認定者為限，依此，納稅義務人同一年度如有數筆有價證券交易，僅有以實際成交價格及原始取得成本計算之有價證券交易損益始能相抵，當年度損益相抵後仍有損失者，自以後3年度之交易所得中扣除時，該交易所得仍以實際成交價格及原始取得成本計算者為限。且該損失只能在當年度或發生年度之次年度起3年內，於申報基本所得額時，自有價證券交易所得中扣除，不可扣除一般綜合所得稅之所得項目或自其他應計入基本所得額之項目中扣除