據財政部賦稅署75年4月30日台稅二發第7523980號函規定，營業人之進項稅額，除依加值型及非加值型營業稅法第19條第1項規定不得扣抵者外，均可扣抵銷項稅額。員工出差旅費可檢具車、船、飛機客票影本與住宿發票扣抵聯申報扣抵銷項稅額。故營業人如因業務需要，派遣員工至外地出差搭乘高鐵，其車票亦可比照辦理，作為進項憑證申報扣抵銷項稅額。
高雄市國稅局表示，因車票訂價係內含營業稅額，所以營業人應自行依下列公式計算進項稅額：【票價金額÷（1＋5﹪）×5﹪＝進項稅額】，尾數不滿1元者，按四捨五入計算，併入該期營業人銷售額與稅額申報書「進項」欄位中「載有稅額之其他憑證」欄位，計算得扣抵進項稅額。例如員工搭乘高鐵出差至臺北，票價為1,490元，該營業人在申報當期營業稅可扣抵進項稅額時，可於載有稅額之其他憑證中加計此筆71元之進項稅額【1490元÷（1＋5﹪）×5﹪＝70.95元