財政部臺北市國稅局表示，邇來常接獲營業人詢問，購買營業用之不動產何時可申請退還溢付之營業稅額？
該局指出，營業人購買建築改良物，溢付之營業稅額，應俟辦妥建築改良物所有權登記，並取得所有權狀後，再依加值型及非加值型營業稅法（以下簡稱營業稅法）第39條第2款規定申請退還。
該局說明，依營業稅法第8條第1項第1款規定，營業人出售土地免徵營業稅，另依財政部79年4月26日台財稅第780399554號函釋規定，出售土地之銷售額，得免開統一發票。故營業人購買不動產，土地部分如有取得統一發票者，為免稅統一發票，尚不發生進項稅額扣抵情事，惟購買建築物部分取得之應稅統一發票，可依營業稅法第39條第2款規定申請退還溢付之營業稅額，但應俟辦妥建築改良物所有權登記後再申請退還。營業人如係購買預售屋，依約於各期付款所取得之統一發票，於取得時可併當期申報扣抵銷項稅額，惟如有溢付稅額者，尚無法辦理退還該溢付稅額，應俟辦妥建築改良物所有權登記後，再檢附購買建築改良物之所有進項憑證影本及所有權狀影本，向主管稽徵機關申請退還溢付稅額。
該局舉例說明，甲公司於96年4月間向乙公司購買總價3,075萬元之不動產供辦公室使用，其中1,500萬元為土地價款，1,575萬元為建築改良物含稅價款，約定分3期支付價款，第1、2期分別於4月及6月間各支付1,025萬元（土地500萬元，建築改良物525萬元），另於7月間支付尾款並辦妥所有權變更登記，則甲公司於4月及6月間取得支付之建築改良物銷售款統一發票525萬元（含稅），可先行於5月及7月間申報96年3-4月及5-6月期營業稅時，併同申報扣抵當期之銷項稅額，如申報扣抵後尚有溢付稅額者，應俟7月間給付尾款並辦妥所有權變更登記後，於申報96年7-8月營業稅時，填具固定資產退稅清單，檢附購買該建築改良物取得之所有統一發票（1,575萬元）及所有權狀影本，向所轄主管稽徵機關辦理申請退還該期溢付稅額，最多可退稅限額為75萬元。