政部臺北市國稅局表示，營業人每期報繳營業稅時，營業稅額的計算係以營業人當期銷項稅額扣減進項稅額後之餘額為當期應納或溢付營業稅額。營業人如有進貨退出或折讓，應依統一發票使用辦法第20條規定開立進貨退出或折讓證明單，並依加值型及非加值型營業稅法第15條第2項規定，於發生之當期提出申報扣減進項稅額；如當期未申報扣減，則形同虛報進項稅額，依同法第51條第5款規定，應補稅處罰。 
該局說明，甲公司於96年1月29日因退貨取得進貨退出證明單3張金額共250萬元，收回之營業稅額12萬5千元，未於報繳營業稅時於當期進項稅額中扣減，雖然該營業人於96年5月15日申報次期營業稅時提出申報扣減進項稅額，但因已於96年5月6日依交查異常清單進行查核，該公司因虛報進項稅額被處罰鍰12萬5千元。