財政部臺灣省北區國稅局表示，營利事業為降低經營成本、提升競爭力而進行合併，惟因合併而消滅之營利事業要如何辦理合併當年度相關申報？納稅義務人時有疑義，該局特別就相關規定說明如下： 
一、合併消滅之營利事業，應於主管機關核准合併文書發文日起45日內，向該管稽徵機關就截至合併基準日(公司董事會決議所訂之日)止之決算期間辦理申報並繳清應納稅款，其股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表應併同當期決算辦理申報。
二、未分配盈餘之申報，應由合併後存續或另立之營利事業，以消滅公司名義，按當期決算所得額及前一年度之盈餘所屬年度，分別代為填寫及辦理申報；申報期間為各該所得年度辦理結算申報之次年5月1日至5月31日止。
三、決算年度扣繳憑單及股利憑單之開立及申報，應於截至合併日止10日內辦理完成。 

該局特別提醒，由於因合併而消滅之營利事業，與合併後存續之營利事業，在合併前係屬分別獨立之營利事業，故合併後存續之營利事業，於辦理消滅之營利事業上開年度之未分配盈餘申報時，應與其本身之未分配盈餘分開計算並分別辦理申報。