虛設行號是財政部每年的重點查緝工作，如果營業人不小心拿到虛設行號開立的發票，又無法證明有進貨事實，便會被按漏稅額處一到十倍罰鍰。但最高行政法院的判決指出，如果營業人進貨時已注意付款對象及開立發票的營業人相符，且以劃線並書有抬頭的支票付款，便已盡商業往來應注意事項，就算交易對象為虛設行號，可免受罰。 

稅務官員說，廠商一定要記得兩招自保。第一，進貨付款時，確定付款對象與開立發票的營業人相符；第二，付款時，要以劃線並寫有抬頭的支票付款，支票抬頭與開立發票廠商的名稱必須相符，且簽註禁止背書轉讓字樣。如此一來，就算被稅捐單位查到交易對象是虛設行號，也會因為已盡商業往來注意職責，免去處罰。 

最高行政法院便曾有一案例，營業人在86年間進貨1,395萬餘元，以非交易對象甲公司開立的統一發票作為進項憑證，申報扣抵銷項稅額，虛報進項稅額9.7萬餘元。台北市國稅局核定申請人逃漏營業稅69.7萬餘元，並按未依規定取得他人憑證總額1,395萬餘元處5%罰鍰，共69.7萬餘元。 

營業人不服，指出與甲公司間買賣已盡一般商業往來注意事項，且支付貨款的支票抬頭皆以甲公司名稱，並禁止背書轉讓，確保貨款的明確性，且貨款均已支付，過程也要求該公司出具公司登記執照與資料加以查證。國稅局未詳盡查核與甲公司間的交易事實，未盡舉證責任。 

國稅局則認為，依照法院刑事確定判決記載，甲公司不僅取得不實發票申報進項稅額，還是以虛進虛銷循環開立發票互抵的虛設商號，因此甲公司與營業人間顯無交易事實存在的可能，該營業人虛報進項稅額致應納稅額減少，已造成逃漏稅，因此處分追補所漏稅款及課處罰鍰。但法院認為，交易人確實已盡查證之責，判決北市國稅局敗訴。