公司為鼓勵員工參與公司經營，分享營運成果，以提供公司股票的方式吸引員工留住優秀人才，現行大致分為員工分紅配股及員工認股權兩種方式，而這兩種方式課稅有何差別呢？財政部臺灣省中區國稅局說明如下：
 一、員工分紅配股（公司員工依促進產業升級條例第19條之1規定取得之新發行記名股票）：
 （一） 面額部分係屬薪資所得，應併計各該員工取得年度之綜合所得總額，課徵所得稅。
 （二） 所得基本稅額條例自95年1月1日施行，員工分紅配發股票可處分日次日之時價超過面額之差額部分，應計入個人之基本所得額。
 （三） 實際出售時產生之利得或損失，係屬證券交易所得或損失，依現行所得稅法規定，證券交易所得停徵綜合所得稅，證券交易損失亦不得自綜合所得額中減除。 
 二、員工認股權（公司依證券交易法或公司法規定發行員工認股權憑證，個人依公司所定之認股辦法行使認股權）：
 （一）執行權利日標的股票時價超過認股價的差額部分屬員工之其他所得，應併入員工執行認股權年度之綜合所得總額，課徵所得稅。
 （二）無須計入個人之基本所得額。
 （三）股票出售價格與權利執行日標的股票時價之差額為證券交易所得或損失。依現行所得稅法規定，證券交易所得停徵綜合所得稅，證券交易損失亦不得自綜合所得額中減除。