除促進產業升級條例之租稅優惠於 98 年 12 月 31 日 施行期滿外，目前公司尚可適用之租稅優惠有 資源回收再利用法 ( 第 23 條第 2 項 ) 、發展觀光條例 ( 第 50 條 ) 、生技新藥產業發展條例 ( 第 5 條 及 第 6 條 ) 、促進民間參與公共建設法 ( 第 36 條 、 第 37 條及 第 40 條 ) 、獎勵民間參與交通建設條例 ( 第 28 條 、 第 29 條及 第 33 條 ) 、產業創新條例 ( 第 10 條 ) 、文化創意產業發展法 ( 第 27 條 ) 、電影法 ( 第 39 條之 1) 、都市更新條例 ( 第 49 條 ) 、新市鎮開發條例 ( 第 14 條及 第 24 條 ) 、中小企業發展條例 ( 第 35 條 ) 、自由貿易港區設置管理條例 ( 第 29 條 ) 及國際機場園區發展條例 ( 第 35 條 ) 。以下茲就較常用之租稅優惠如何申請說明之：
（一）產業創新條例之研究發展支出投資抵減：
1. 產業創新條例第 10 條 規定， 公司在同一課稅年度內得在投資於研究發展支出金額 15 % 限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額，並以不超過該公司當年度應納營利事業所得稅額 30% 為限。
2. 產業創新條例第 10 條授權訂定之「公司研究發展支出適用投資抵減辦法」 ( 以下簡稱 研發 投抵辦法 ) 第 12 條規 定 ， 公司申請適用該 研發 投 資抵減 者，應於辦理當年度結算申報期間開始前 3 個月起至截止日內，檢具有關文件，向中央目的事業主管機關（以下簡稱事業主管機關） 申請認定其當年度研究發展活動是否符合 研發投抵辦法 第 2 條及第 3 條規定 ，始取得適用投資抵減獎勵之基本資格。
3. 公司若有 (1) 專為用於研究發展所購買或使用之專用技術； (2) 專為用於研究發展所購買之專業性或特殊性資料庫、軟體程式、系統； (3) 委託國外大專校院或研究機構研究，或聘請國外大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用； ( 4 ) 公司與國內、外公司共同研發等之支出須申請專案認定者，應與研究發展活動認定之申請案併案向 中央目的 事業主管機關提出申請。
4. 專用技術及公司與國內、外公司共同研發之支出， 逾期未提出專案認定申請者，得於費用之攤折或分攤年限內依前述規定期限提出，經核准者，其尚未攤折或分攤之支出自提出申請之前一年度起適用。
5. 公司從事研究發展支出申請適用投資抵減者，除於規定期限內向事業主管機關申請外，尚應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，填報 營利事業所得稅結算申報書（租稅減免部分） 第 10-1 頁及 第 15-2 頁，並檢附規定文件，送請公司所在地之稅捐稽徵機關核定其投資抵減稅額。如填報之資料有疏漏，得於所得稅法規定申報期限屆滿前補正；其逾期未補正者，稅捐稽徵機關得不予受理。
（二） 生技新藥產業發展條例之研究發展支出投資抵減：
1. 公司得在投資於研究與發展及人才培訓支出金額 35% 限度內，自有應納營利事業所得稅之年度起 5 年內抵減各年度應納營利事業所得稅額；生技新藥公司當年度研究與發展支出超過前 2 年度研發經費平均數，超過部分得按 50% 抵減。其每一年度得抵減總額，以不超過該生技新藥公司當年度應納營利事業所得稅額 50% 為限。但最後年度抵減金額，不在此限。
2. 公司符合 生技新藥公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法第 2 條第 1 項規定 之要件者，得檢具文件、資料，向經濟部申請審定為生技新藥公司：經審定為生技新藥公司者，經濟部核發生技新藥公司之審定函自核發之次日起 5 年內有效，屆期失其效力。
3. 公司應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，檢附經濟部核發之生技新藥公司審定函， 填報 營利事業所得稅結算申報書（租稅減免部分） 第 15-1 頁，並檢附規定文件，送請公司所在地之稅捐稽徵機關核定其投資抵減稅額。如填報之資料有疏漏，得於所得稅法規定申報期限屆滿前補正；其逾期未補正者，稅捐稽徵機關得不予受理。
（三）股東投資抵減：
公司 創立或擴充 若符合生技新藥產業發展條例 ( 第 6 條 ) 、促進民間參與公共建設法 ( 第 40 條 ) 、獎勵民間參與交通建設條例 ( 第 33 條 ) 、電影法 ( 第 39 條之 1) 之規定，申請以股東投資抵減， 抵減 股東 當年度營利事業所得稅者 ，應取得公司所在地稅捐稽徵機關核發之股東投資抵減證明書，並於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，檢附股東投資抵減證明書正本一併申請之。
（四）自動化機器、設備及技術投資抵減：
公司若符合資源回收再利用法 ( 第 23 條第 2 項 ) 、促進民間參與公共建設法 ( 第 37 條 ) 、獎勵民間參與交通建設條例 ( 第 29 條 ) 、新市鎮開發條例 ( 第 14 條 ) 之規定，申請以自動化機器、設備及技術投資抵減， 抵減當年度營利事業所得稅者 ，應事先取得事業主管機關核發自動化機器、設備及技術投資抵減證明書，並於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，檢附自動化機器、設備及技術投資抵減證明書正本及購買之相關憑證一併申請之。
