配合財政健全方案公司股利可扣抵稅額減半，財政部同步修正獨資、合夥事業的負責人、合夥人104年起也須繳納營所稅，新制將由104年上路、105年5月申報開始適用，影響2萬多家合夥事業及72萬多家獨資事業的負責人及合夥人。
同步修正主要是考量獨資、合夥事業及公司同屬於「營利事業」，其事業盈餘相當於公司股利，若不同步修正，等於形成稅制漏洞，因此才會在財政健全方案中，做出配套修正。不過平均月收入低於20萬元、交易零散的小規模營利事業負責人則維持現制、不受影響。
具體來說，新制上路後對對獨資、合夥事業的負責人、合夥人產生的最大改變是，營所稅由「須申報、不須繳納」到「須申報、須繳納」。新制上路後，獨資、合夥事業在105年5月申報104年營所稅時，須以應納稅額的一半，減掉尚未抵繳的扣繳稅額（如銀行利息）金額，繳納營所稅，與過去相比，形同多繳一半營所稅稅額。
舉例來說，甲獨資事業，全年營利所得淨額為100萬元，依據現制只須申報、不須繳納，且併入綜所稅中作為營利所得；但根據新制，甲獨資事業未來申報營所稅時，將繳納應納稅額17萬元（淨所得100萬元*營所稅率17%）的二分之一8.5萬元，若有尚未抵繳的扣繳稅額，可再多減除應納稅額。
由於新制恢復繳納營所稅，為避免重複扣繳，因此，在計算個人綜所稅中的營利所得時，須多減除已在營所稅繳過的「營所稅應納稅額的二分之一」金額，且由於過去可於此處扣繳的「可抵繳之扣繳稅額」，已移往營所稅部分扣繳，因此計算營利所得時，不可再重複扣抵。
