財政部臺北市國稅局表示，員工因營利事業未依勞動基準法規定終止勞動契約而提起訴訟，經法院裁判勝訴，營利事業於員工復職時一次支付停職期間的薪資應如何辦理扣繳？
該局說明，員工於復職時，由營利事業一次補發停職期間之各年度薪資，均屬於實際補發年度之所得，營利事業應於給付時，依規定之扣繳率扣取稅款，並於次年1月底前填發扣繳暨免扣繳所得憑單，向所轄稽徵機關辦理申報，並應同時填具補發各年度之薪資所得明細表交予員工，供其辦理個人綜合所得稅結算申報。
該局進一步說明，員工領取一次補發停職期間之薪資所得，其屬補發以前年度部分，員工應於辦理復職當年度綜合所得稅結算申報時，於申報書中註明補發的事實及金額，除檢附相關的扣繳暨免扣繳所得憑單外，並應檢附補發各年度薪資所得明細表，供稽徵機關依所得人各年度適用之綜合所得稅率計算應行補徵之稅額，彙總一次發單補徵其復職年度的綜合所得稅；屬於補發復職當年度之薪資，仍應併入復職當年度之綜合所得總額，課徵所得稅。
該局另補充說明，營利事業如屬因違反勞動基準法規定，經法院判決應補償員工多年之加班費差額，核屬實際補發年度之所得，惟與上述因員工停職，嗣經法院判決確定獲准復職，而一次領取停職期間之薪資所得，其停職原因自始即不存在之情形有所不同，因此員工取得追補加班費之差額，仍應依定額免稅時數之相關規定，計算其逾限部分之薪資所得，併入實際取得年度綜合所得總額課徵所得稅，尚無採分年計算所得課稅之適用。
該局籲請扣繳義務人及納稅義務人注意，對於所得稅法之規定如有疑義，應儘速向稽徵機關查詢，以免因適用法令錯誤而致補稅處罰。