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公司計算基本所得額時，在計算出當年全年所得額後，除了必須先扣除所得稅法及國際金融業務條例規定停徵、免徵或免納的營利事業所得稅額外，其他依法規定免徵或免納的所得稅額，包括可扣除以往年度營業虧損的部分，公司可自行決定最有利的減除順序及金額。不同的選填方式，將會造成不同的最低稅負。

公司的基本所得額算法是，以依所得稅法規定計算的課稅所得額，加上證券期貨交易所得、促進產業升級條例等各種法律規定的免稅所得、國際金融業務分行的免稅所得，及其他經財政部公告的免稅、不計入所得課稅的所得額。因此，公司在辦理所得稅結算申報時，如果同時有免稅所得額及前五年經核定尚未扣除的虧損，要特別謹慎選擇扣除的優先順序及金額，以節省最低稅負。

舉例而言，甲公司95年度全年所得額1,000萬元，有未扣除的前五年經核定虧損200萬元，也有符合獎勵免稅所得500萬元，停徵證券交易所得200萬元、OBU免稅所得100萬元及免稅的出售土地所得150萬元。如果甲公司95年度所得稅結算申報時，選擇優先扣除前五年虧損扣除額200萬元，再扣除獎勵的免稅所得350萬元（不一定要全額扣除，可以自行決定要扣除的金額多寡對最有利），則課稅所得額0元，基本所得額650萬元，減掉200萬元免稅額後的課稅基本所得額為450萬元，乘以稅率10%，基本稅額為45萬元。

反之，如果甲公司95年度所得稅結算申報時，選擇優先扣除獎勵的免稅所得500萬元，再扣除前五年虧損扣除額50萬元，課稅所得額仍為0元，但是，基本所得額將變為800萬元，同樣減除200萬元免稅額後的課稅基本所得額為600萬元，乘以稅率10%，基本稅額增加為60萬元。

公司申報最低稅負制時，可從選擇先扣除五年虧損、或先扣除獎勵免稅所得額中，得到節稅空間。公司必須注意的是，可用的免稅所得或虧損扣除還剩下幾年可用，畢竟如果免稅所得只剩下最後一年的期限可抵，就最好在當年度用掉，讓五年虧損扣除額可留到隔年扣抵課稅所得。

由於虧損扣除額在計算最低稅負時不必加回，企業可以根據未來預估的業績狀況，好好分析選擇每年可利用的免稅所得及虧損扣除額度。

只要掌握「課稅所得變成零、免稅所得不太多」的原則，就能減少最低稅負制的衝擊。如果企業當年已賣了很多股票賺大錢，由於證券交易所得要列入課稅，就可藉由提前實現一些虧損的股票，來達到盈虧互抵的目的。