財政部臺北市國稅局表示，自97年1月1日以後，公司員工分紅及以公司權益商品價格基礎給付之員工勞務成本，得認列為薪資支出，其屬研究發展單位專門從事研究發展工作之全職人員之薪資，可依廢止前「公司研究與發展及人才培訓適用投資抵減辦法」第2條第1項第1款規定，以各年度實際發放或員工實際執行數額適用研究發展支出投資抵減，即以實際發放或員工實際執行之年度適用投資抵減。
該局日前查核時發現A公司97年度研究發展支出投資抵減中列報員工分紅費用3,100萬餘元，與其97年員工分紅估算數3,700萬餘元不合，公司說明其98年度已確實發放員工紅利，故按98年實際發放數額列報97年度之投資抵減。惟公司申請研究發展支出投資抵減，屬研究發展專職人員相關之員工紅利，應俟其實際發放年度，始可列報公司之投資抵減稅額，是以，公司98年度實際發放員工分紅，應列為98年度之投資抵減，而非列報於97年度，故97年度營利事業所得稅經調整後補稅1,000萬餘元。
該局呼籲，公司辦理營利事業所得稅結算申報，如有申請租稅減免時，應注意相關規定，避免錯誤，造成徵納雙方困擾，甚而影響自身權益。