財政部台灣省南區國稅局恆春稽徵所表示， 99年度營利事業所得稅結算申報稅務小叮嚀如下：    

         (一)教育、文化、公益、慈善機關或團體及其附屬作業組織首度可以適用網路或媒體方式辦理99年度結算申報。
　　 (二)公司申請適用產業創新條例第10條研究發展支出投資抵減者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前3個月起至申報期間截止日後1個月內，檢具有關文件向中央目的事業主管機關申請認定當年度研究發展活動，以符合程序要件。
　　 (三)營所稅結算申報時，請注意營業種類及行業標準代號，有無詳實填寫，並請按中華民國稅務行業標準分類（第6次修訂）之行業標準代號填報，如有經營2種以上行業者，應輔導以主要行業（收入較多者）之標準代號填列。相關資料內容及查詢功能已於南區國稅局網站建置完成，其路徑為首頁/報稅專區/營所稅/查詢各業所得額、同業利潤標準暨擴大書審純益率標準項下。
　　 (四)自99會計年度開始，適用營利事業所得稅稅率17%，起徵額調高至12萬元，無累進差額；惟如屬採用特殊會計年度之營利事業，依據財政部98年7月29日台財稅字第09804548590號令規定，應自「99年度」起始有修正後稅率之適用，不可主張跨越99年度部分之月份單獨適用調降後稅率。
　　 (五)配合營利事業自97年1月1日起員工分紅及董監事酬勞之金額，於申報當年度營利事業所得稅時，得以費用列支之規定，是故，財政部業於99年3月18日以台財稅字第09900080650號令明確規範，營利事業給付員工分紅及董監事酬勞時，尚無所得稅法第66條之4第1項第4款及第66條之9第2項第6款規定之適用，即不得再視為盈餘分配，而將其列入計算未分配盈餘餘額之減除項目，及自股東可扣抵稅額帳戶餘額減除所含稅額。
　　 (六)營利事業完成網路申報後，應於6月30日前檢附申報書表及相關附件寄交所在地國稅局所屬分局及稽徵所；惟99年度獨資合夥申報案件或營業收入淨額及非營業收入合計數在新臺幣3,000萬元以下申報案件(含適用「營利事業所得稅結算申報案件擴大書面審核實施要點」規定申報案件)，非採用會計師查核簽證或使用藍色申報書，其無營利事業所得稅結算申報書第10頁附註8、9所列文件且未申報投資抵減稅額者，得免送申報書表及相關附件。
　　 (七)擴大書面審核案件，如有保險賠償收入及其損失等非營業損益項目者，請以總額方式列報，而非採淨額方式列報；如有土地及其定著物（如房屋）交易之損益，應單獨依營利事業所得稅查核準則第32條及100條之規定計算，不應直接併計於營業收入及非營業收入合計數內，逕予自行調整至擴大書面審核純益率。
　　 (八)年度中途改為使用統一發票商號，應注意有無將查定營業額合併計入已開立統一發票營業額，一併申報。
　　 (九)修訂申報書17-1頁「99年12月31日止已實際繳納之各年度未分配盈餘加徵10%營利事業所得稅之餘額計算明細表」，並請有非居住者股東及預期以後年度有非居住者股東之營利事業，注意本表之填報。
　　 (十)配合營利事業所得稅稅率自99年度起調降為17%，所得稅法第66條之6有關營利事業分配盈餘之稅額扣抵比率上限修正案業於100年1月26日經 總統公布生效。近期營利事業已陸續召開股東會議，決議有關99年度之盈餘分配案，請輔導營利事業於分配屬99年度以後之盈餘時，應依修正後之稅額扣抵比率上限（未加徵為20.48%、已加徵為33.87%）規定辦理，以避免造成超額分配情形。