財政部臺灣省南區國稅局新化稽徵所表示：依全民健康保險法第38條規定，民眾依同法第33條及第35條規定自付之部分負擔費用係向提供醫療服務之醫療院所繳納，因該筆部分負擔金額未包含於健保局開立予醫療院所之扣繳憑單給付總額內，故於申報綜合所得稅時，醫療院所年度全民健保收入總額，應為健保局分列項目參考表部分負擔金額與健保局開立扣繳憑單給付總額二者合計數，如有短漏報之情事除就差額補稅外，還會受裁罰。