財政部台灣省北區國稅局表示：為發展全球運籌管理經營模式，積極推動貿易自由化及國際化，便捷人員、貨物、金融及技術之流通，進而帶動區域產業及經濟繁榮，提升國家競爭力，政府於98年特制定「自由貿易港區設置管理條例」及「國際機場園區發展條例」，凡依前揭條例設置之外國營利事業或其在中華民國境內設立之分公司，自行申設或委託園區內之自由港區事業於自由港區內從事貨物儲存與簡易加工，並將該外國營利事業之貨物售與國內、外客戶者，其所得免徵營利事業所得稅。但當年度售與國內客戶之貨物，超過其當年度售與國內、外客戶銷售總額10%者，其超過部分不予免徵。
該兩條例之免納所得稅優惠係於所得基本稅額條例施行後所制定，是否應列為基本所得額之加計項目，常有納稅人詢問，本局說明，基於該兩條例之立法意旨係為促進我國自由港區、物流業者及關聯產業之發展，以提高外國營利事業來臺從事轉運加值業務之誘因，故無須列為營利事業基本所得額之加計項目。
本局另補充說明：依「海峽兩岸海運協議及空運補充協議稅收互免辦法」規定免徵營利事業所稅之所得額，因鑒於該等協定係規範兩岸課稅權之分配，在平等互惠原則下避免重複課稅，故於計算營利事業基本所得額時，亦無需列入加計項目。