財政部台灣省南區國稅局岡山稽徵所表示，依據所得稅法第九十四條及同法施行細則第九十六條規定，扣繳義務人於扣繳稅款時，如原扣繳稅額大於稽徵機關核定稅額時，扣繳義務人於繳納稅款後，一方面應將溢扣之稅款退還納稅義務人，另一方面可向公司所在地之主管稽徵機關申請退還溢繳之稅款，或將該溢繳稅款留至同年度尚有應扣繳稅款時再抵繳。惟如已屆年度結束，此時僅可申請辦理退還溢繳稅款。