財政部臺北市國稅局表示，營利事業如有庫藏股交易損失時，除依規定沖抵相關資本公積及未分配盈餘外，如有沖抵87年度或以後年度累積未分配盈餘者，其股東可扣抵稅額帳戶應併同減除該沖抵之未分配盈餘所含之可扣抵稅額，以免分配盈餘時產生超額分配可扣抵稅額情形。
該局說明，上市、上櫃公司為了保障股東權益，維護公司股票市價或獎勵員工，自公開市場買回自身股票，嗣後將所購回之庫藏股票轉讓或註銷所產生之交易損失，依財務準則公報規定，應先沖抵同種類庫藏股之交易所產生之資本公積，仍有不足，再以累積盈餘沖抵。如有以87年度或以後年度盈餘沖抵之情形時，因87年度或以後年度之累積未分配盈餘包含有可扣抵稅額，應於庫藏股票轉讓日或註銷變更登記日，依所得稅法第66條之4第1項第5款規定，自當年度股東可扣抵稅額帳戶中減除，其應減除之可扣抵稅額 ＝ 沖抵之未分配盈餘 × 轉讓日或註銷變更登記日之稅額扣抵比率，該比率如超過所得稅法第66之6規定計算之稅額扣抵比率上限，則以上限為準。
該局查核某公司營利事業所得稅案件時，發現該公司於97年度召開股東會前，有註銷庫藏股損失4.25億元之情形，因為沖抵同種類資本公積3億元後仍有不足，而以87年度以後之累積盈餘沖抵註銷庫藏股約1.25億元，卻未自股東可扣抵稅額帳戶減除沖抵之未分配盈餘所含之可扣抵稅額，導致分配96年度盈餘時超額分配可扣抵稅額約2,500萬元，爰責令該公司限期補繳並處1倍以下罰鍰。