財政部臺北市國稅局表示，有關結構型商品交易所得課稅規定，為建立納稅義務人正確申報觀念，特提出說明如下：
一、個人於98及以前年度取得與證券商或銀行從事結構型商品交易之所得，屬財產交易所得，應併計個人綜合所得總額辦理結算申報；自99年1月1日起取得該項交易所得，屬就源扣繳之其他所得，改採分離課稅，所得人為居住者按所得額扣取10﹪，非居住者按所得額扣取15﹪，不再併計綜合所得總額申報；亦即納稅義務人於100年5月份申報99年度綜合所得稅時，當（99）年度取得與證券商或銀行從事結構型商品之所得，無須併入綜合所得總額申報。
二、個人於98及以前年度從事結構型商品交易如有虧損者，屬財產交易損失，可於個人綜合所得稅結算申報時與當年度之財產交易所得互抵，其每年度之扣除額以不超過當年度之財產交易所得為限；當年度無財產交易所得或不足扣抵者，得以以後3年度之財產交易所得扣除之。99年度以後從事結構型商品交易之所得屬就源扣繳，已採分離課稅，免併入當年度綜合所得總額辦理結算申報，故如有虧損則無法扣抵。
該局呼籲，納稅義務人辦理98年度綜合所得稅結算申報時，
仍應將與證券商或銀行從事結構型商品之財產交易所得，併計個人綜合所得總額申報，若有漏未申報該項所得者，請儘速辦理補報並補繳稅款，以免遭致處罰。