財政部臺北市國稅局表示，營利事業給付醫院之醫藥費，採記帳方式支付者，應於給付時扣繳稅款。 該局說明，醫院、診所之醫師係屬所得稅法第11條第1項所規定之執行業務者，公司為其就醫員工所給付一般醫療院所之醫療費用，應依所得稅法第88條第1項第2款規定，於給付時依10﹪扣繳率扣繳稅款，所得類別為執行業務所得；惟如係給付予財團法人醫院之醫療費用，可免予扣繳所得稅，但應依同法第89條第3項規定，列單申報主管稽徵機關，所得類別為其他所得；如給付予公立醫院，免予扣繳稅款亦免填報扣（免）繳憑單。此外，員工就醫先行墊付醫藥費用再檢據向服務單位支領者，免對醫療院所辦理扣繳亦免填報扣繳憑單，係屬員工職務上取得之補助費，核屬薪資所得，惟如係雇主依照勞工安全衛生法及其施行細則暨勞工健康管理規則（現行勞工健康保護規則）規定必須支付之員工體格檢查及定期健康檢查費用（與一般定期健診性質有別），不視為該勞工薪資所得。
該局提醒，納稅義務人或扣繳義務人如有其他申報或扣繳疑義，可就近洽轄區國稅局或所屬分局、稽徵所查詢。