財政部臺北市國稅局表示，「營業稅電子資料申報繳稅系統」程式版本預定自99年6月22日更新為BLR_VER860，請營業人於申報99年5-6月營業稅前，先至財政部電子申報繳稅服務網站（http:\/\/tax.nat.gov.tw）下載更新程式版本。
該局說明，配合法令修正及強化程式審核條件等因素，辦理程式改版，營業人及代理申報業者，尤其是自行開發資訊系統產出營業稅申報檔辦理媒體或網路申報者或軟體廠商應及早配合修改程式，以利申報作業。本次修正重點摘要說明如下：
一、繳稅方式為「已赴金融機構繳納」或「尚未繳納」且應納稅額為0者，排除列印繳款書。
二、空白、作廢發票增加檢核功能，檢查買受人統一編號欄位應為空白，且銷售額、稅額應為0，若買受人統一編號為’00000000’或銷售額、稅額不為0時，程式將出現警示訊息，且不允許存檔。

該局呼籲，營業人對相關作業規定如有疑義，可電洽免付費服務電話0800-086-188及該局電話23113711分機1742 、2129（業務相關問題）、分機2043（網路繳稅問題），另網路申報系統軟體操作問題請洽分機2342至2358。