財政部臺北市國稅局表示，98年度綜合所得稅結算申報退稅案件，依申報方式及時間分3批次辦理退稅，採用網路申報案件一律列為第1批退稅。
該局說明，納稅義務人採用網路申報及99年5月10日前向戶籍所在地國稅局之分局、稽徵所申報之二維條碼、人工申報退稅案件，列為第1批退稅，退稅款於99年7月30日轉帳入納稅義務人指定帳戶，或於是日寄發退稅憑單；99年5月11日至99年5月31日申報之退稅案件，列為第2批退稅，於99年10月29日轉帳入指定帳戶或寄發退稅憑單；申報為應自行繳納稅款，但於交查後屬退稅案件，列為第3批退稅，於100年1月20日轉帳入指定帳戶或寄發退稅憑單。

該局指出，綜合所得稅退稅方式有2種，納稅義務人申報如有退稅，只要在人工申報書「利用存款帳戶退稅」欄項填入或電子結算申報繳稅系統輸入本人、配偶或申報受扶養親屬在郵局或參與金融資訊連線之金融機構存款帳號（如屬外商銀行，以開立之新臺幣存款帳戶為限），國稅局會將退稅款直接撥入指定帳戶，並郵寄綜合所得稅退稅直接劃撥通知單通知納稅義務人退稅款已撥入帳戶；如未填寫（鍵入）利用郵局或金融機構存款帳戶退稅或指定之帳戶無法撥入者，國稅局將開立綜合所得稅退稅憑單郵寄納稅義務人，納稅義務人收到退稅憑單後，請儘速在兌領期限內利用金融機構或郵局存款帳戶提出交換。憑單左上角未劃二道平行線者，亦可持退稅憑單、受退人身分證、印章前往指定之金融機構（臺灣銀行位於臺北市各營業單位）兌領退稅款，如委託他人代領，請加附代領人之身分證及印章。
該局呼籲，納稅義務人使用便利又快速直撥方式退稅，可免往返金融機構之舟車勞頓；另提醒納稅義務人確實依存摺填寫或輸入存款人身分證統一編號、金融機構代號及帳號，以免資料錯誤，退稅款無法順利撥入指定帳戶。