財政部臺北市國稅局表示，扣繳義務人辦理各類所得扣繳申報，如因情形特殊同時採用媒體及網路申報辦理者，其製單流水號不可重複（第1位可為文數字，第2位至第8位為數字），網路申報之各類所得資料必需彙總合併上傳。
該局說明，同一申報單位由不同部門分別錄製各類所得資料媒體檔案，分別採用媒體及網路辦理申報者，例如：薪資、盈餘分別由不同單位處理時（即盈餘委由股務代理人外包作業），得選擇盈餘採媒體申報，薪資連同其他所得資料採網路申報，除必須以申報單位之統一編號、格式順序合併，從００００００００號開始依序編製流水號（8位，第1位可為文數字，第2位至第8位為數字）不得重複外，另須於媒體檔案遞送單「資料名稱」欄上註明「尚有其他資料」。採用網路申報及更正各類所得扣(免)繳憑單及股利憑單，應將所有類別之所得資料彙總合併一次傳送申報，如僅傳送部分資料辦理申報或更正，即造成後送申報所得資料覆蓋掉前次申報所得資料。

該局舉例，甲公司有分配股利資料30,000筆，由股務代理人代為辦理媒體申報，甲公司第1次自行以網路申報薪資所得資料計80筆，若第2次申報5筆租賃所得時，未將薪資、租賃等共85筆所得資料彙總為一個完整檔案上傳，將因後檔資料覆蓋前檔資料，造成網路申報檔中僅有5筆租賃所得資料，而無原先申報80筆薪資資料情形，將嚴重影響納稅義務人5月份查調所得資料之正確性。
該局呼籲，請扣繳單位及營利事業注意，應確實依「98年度綜合所得稅資料電子申報作業要點」相關規定，辦理各類所得憑單媒體及網路申報，以避免徵納雙方及所得人之困擾。