財政部臺北市國稅局表示，公司分割時，既存或新設公司得將分割公司分割前尚未扣除之虧損，按股權分割比例計算之金額，自其純益額中扣除。但分割公司之股權未變動者，不得扣除虧損。

該局說明，為消弭併購之租稅障礙，與考量公司之盈虧係由各股東依其持有股份比例承受，企業併購法第38條第3 項爰規定，公司分割時，既存或新設公司，得將各參與分割公司分割前尚未扣除之虧損，按股權分割比例計算之金額，自其純益額中扣除。既存公司於計算可扣除之虧損時，應再按各參與分割公司之股東分割後持有既存公司之股權之比例計算。但公司分割後，如參與分割公司之股權未變動者，自無該法條之適用。
該局舉例，甲公司95年度有虧損1,000萬元，於96年3月1日分割新設乙公司。甲公司係採分割資產合計5億 元，分割負債合計3億 元，合計讓予資產淨價值2億 元（分割資產5億元－分割負債3億元），並按每10元換發乙公司普通股1 股，100%持有乙公司股權2億元。即甲公司以資產淨價值2億元作價抵充乙公司發行之股本。因甲公司以分割資產淨價值投資新設乙公司，取得乙公司100%股權，成為乙公司唯一股東，此等投資行為與現金出價取得被投資公司100 ﹪股權之投資行為，並無二致， 均屬將原有資產（分割資產抑或現金資產）轉換成持有長期投資資產，僅持有資產形式改變，自身股權結構均未改變，故依企業併購法第38條第3項規定，乙公司自不得主張承受甲公司95年度之虧損。
該局呼籲，公司如有分割情事發生時，應注意企業併購法第38條第3項之規範，以維護自身權益。