財政部台灣省北區國稅局表示，適用5年免徵營利事業所得稅之免稅所得額必須依照財政部所訂定的免稅所得計算要點規定計算，除符合獨立設帳獨立計算者外，其非營業收入或非營業損失應按科目內容性質逐筆明確區分其與免稅產品有無關聯；其屬無關聯者，應自全年所得額中減除或加回。
本局指出，最近查核一家申請適用5年免徵營利事業所得稅之交通器材製造公司94年度營利事業所得稅結算申報案，發現該公司於辦理結算申報時，將兌換損失2億餘元列入免稅計算公式之非營業損失中，自全年所得額項下加回，經查核結果，因該兌換損失係該公司將免稅產品外銷所產生之兌換損失，其既與免稅產品有關，自不應列入非營業損失而自全年所得額中加回，經本局重新計算免稅所得，計調減免稅所得額2,000餘萬元。

本局提醒適用5年免徵營利事業所得稅之公司，要特別注意免稅所得計算要點的規定，以免因計算錯誤而被調整補稅。