因法令規範限制分配的盈餘，在限制原因消滅後，必須回歸保留盈餘課徵所得稅，財政部已經決定，這項因所得稅法去（95）年修正所做的改變，將導致企業稅負上升，為避免爭議，只有94年度以後限制分配盈餘才需課稅；94年以前者，均不再追溯。

財政部已經完成所得稅法施行細則的修法工作，配合所得稅法重新訂定有關保留盈餘的課稅規範，明令：營利事業在94年度或以後年度，依所得稅法第66條之9第2項第5款，及第7款規定限制的盈餘，應於限制原因消滅年度之次一會計年度結束前，就未作分配部分，依法加徵10%保留盈餘所得稅。去年6月修正實施後的所得稅法所指「限制分配的盈餘」必須加徵10%所得稅的部分，包括:一、依本國與外國所訂契約，或依本國與外國或國際機構就經濟援助或貸款協議所訂定的契約中，規定應提列的償債基金準備，或對於分配盈餘有限制者，其已由當年度盈餘提列或限制部分。二、依其他法律規定，由主管機關命令自當年度盈餘已提列特別盈餘公積或限制分配部分。財政部表示，在所得稅法修正之前，企業因法令限制未做分配的盈餘，在限制原因消滅後，究竟應該如何處理？並無明確規範。但這類盈餘若未分配即屬保留盈餘的一部分，依據兩稅合一的精神，必須課徵10%保留盈餘所得稅。基於減輕對企業的衝擊，財政部配合稅法修正所得稅法施行細則時，決定這項回歸課徵保留盈餘所得稅的適用年度，應自94年度以後適用。財政部說，企業遭法令限制分配的盈餘，若發生在94年度以前者，日後即使限制分配的原因消滅，也不再追溯課徵保留盈餘所得稅。