財政部臺北市國稅局表示，自99年1月1日起，營利事業持有證券化商品（指依金融資產證券化條例或不動產證券化條例規定發行之受益證券或資產基礎證券）所獲配之利息所得及發票日在99年1月1日以後之各種短期票券利息所得，皆應併計營利事業所得額課稅。

該局說明，現行營利事業持有公債、公司債、金融債券等債券所取得之利息，應併計營利事業所得額課稅，而持有短期票券及證券化商品之利息則採分離課稅，造成課稅不一致情形。為使上述各種利息所得之課稅方式一致，以維護租稅公平，建構健全的金融商品課稅制度，依98年4月22日修正公布所得稅法第24條規定，自99年1月1日起，營利事業持有證券化商品及發票日在99年1月1日以後之各種短期票券之利息所得，應併計營利事業所得額課稅。
該局指出，為因應前項修正，所得稅法第66條之3第1項第3款亦配合修正，明定營利事業持有發票日在98年12月31日以前之短期票券利息所得之扣繳稅款，於轉讓日或兌領日計入當年度股東可扣抵稅額帳戶餘額。換言之，營利事業持有短期票券（發票日在99年1月1日以後）及99年1月1日起持有證券化商品之利息所得扣繳稅款，依所得稅法第66條之3第1項第1款及第2項第1款規定，計入股東可扣抵稅額帳戶餘額將視扣繳稅款抵繳結算申報應納稅額時始計入，修法前後扣繳稅款計入股東可扣抵稅額帳戶時間點亦有所不同。
該局提醒，營利事業應隨時注意稅法修正訊息，以免漏報營利事業所得額及超額分配股東可扣抵稅額，而遭受補稅及處罰。