莫拉克颱風重創南臺灣，多數營利事業災害損失慘重，南區國稅局表示，營利事業應於災害發生後30日內，檢具損失清單及證明文件，報請管轄國稅局派員勘查，經核定後，得於辦理該年度營利事業所得稅結算申報時，列報災害損失；如災區內之工廠或分支機構與其總公司分屬不同縣市者，亦可向工廠或分支機構所在地國稅局就近申請派員勘查。又如受災標的物投有保險者或可提供會計師簽證報告者（不論金額多寡）或申報損失總金額在350萬元以下者，得由稽徵機關予以書面審核，免派員實地勘查。此外；災害損失應列為當年度損失，但損失較為鉅大者，得於五年內平均攤列。