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營利事業所得稅以往年度虧損扣除之相關規定

財政部臺北市國稅局表示，依所得稅法第39條規定，營利事業以往年度營業之虧損，不得列入本年度申報扣除。但屬公司組織、會計帳冊簿據完備、虧損及申報扣除年度均使用同法第77條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經稽徵機關核定之前5年內各期虧損，自本年純益額中扣除後再行核課。
該局說明，公司組織之營利事業適用所得稅法第39條規定，自本年度純益額中扣除前5年各期核定虧損者，依財政部66年3月9日台財稅第31580號函釋，應將各該年度依同法第42條規定免計入所得額之投資收益，先行減除各該年度之核定虧損後，再以虧損之餘額自本年度純益額中扣除。
該局查核甲公司營利事業所得稅結算申報，發現該公司前5年核定虧損扣除額未減除各年度之投資收益，遂予以調整減除，核定補徵稅額300餘萬元，該公司不服，主張前揭財政部函釋違反所得稅法第39條規定，提起行政救濟，經最高行政法院判決駁回。