菸品健康福利捐非屬營業稅稅基，免納入銷售額計算營業稅稅額。按加值型及非加值型營業稅法規定，營業人銷售貨物如係應徵貨物稅或菸酒稅之貨物，其銷售額應加計貨物稅額或菸酒稅額在內；進口貨物如係應徵貨物稅或菸酒稅之貨物，按關稅完稅價格加計進口稅捐、貨物稅額或菸酒稅額後計算營業稅額。因此，「菸品健康福利捐」依法尚非屬營業稅稅基。
　　　　財政部台灣省南區國稅局新化稽徵所表示，營業人銷售菸品，於開立統一發票時，「菸品健康福利捐」應於發票「備註」欄註明其代收金額或與銷售額明確分別載明，免列入銷售額課徵營業稅。