財政部台灣省北區國稅局表示，公司若符合促進產業升級條例第70條之1規定之營運總部，適用免徵營利事業所得稅，於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，檢齊相關文件依規定格式提出申請即可，免另向稅捐稽徵機關申請核准函。惟逾申報期限始補申報者，稽徵機關將不予認定。

符合促進產業升級條例第70條之1規定之營運總部，應依企業營運總部租稅獎勵實施辦法第4條規定，檢具營運範圍說明書一式三份，於適用年度辦理營利事業所得稅結算申報期限截止日前，向經濟部工業局申請核發符合營運總部營運範圍證明函；未依規定期限申請者，當年度不得適用營運總部之所得免徵營利事業所得稅之租稅獎勵。另取得符合營運總部營運範圍證明函之公司，應於辦理營利事業所得稅結算申報時，檢附營運總部租稅獎勵表、經濟部工業局核發之符合營運總部營運範圍證明函影本及經營利事業所得稅查核簽證申報會計師複核之適用營運總部租稅獎勵資格表及相關證明文件，向所在地稅捐稽徵機關申請適用營運總部租稅獎勵。