最低稅負制自95年1月1日施行後，已於去（96）年完成第1次營利事業所得稅申報作業，營利事業多已依照規定辦理一般所得稅及所得基本稅額之結算申報，惟據南區國稅局台南市分局表示，獨資及合夥組織之營利事業並不適用最低稅負制，亦即免辦理所得基本稅額之申報。
　　 該局進一步說明，並非所有營利事業均為最低稅負制之適用對象，所得基本稅額條例第3條第1項已明文規範，排除適用獨資及合夥組織之營利事業。針對轄內為數眾多之所得基本稅額獨資、合夥申報案件，該局分析認為，可能係對最低稅負制之適用對象缺乏瞭解，為免該等案件造成營利事業無謂麻煩及徒增行政處理作業，該局呼籲轄內獨資及合夥組織之營利事業，既非屬最低稅負制之適用對象，於辦理營利事業所得稅結算申報時，應免再併同填報所得基本稅額申報表。