財政部臺北市國稅局表示，大陸地區海運業者或空運業者在臺灣地區經營兩岸運輸業務，應依臺灣地區與大陸地區人民關係條例第25條規定課徵營利事業所得稅。
該局說明，海峽兩岸海運協議經財團法人海峽交流基金會及海峽兩岸關係協會簽署，於97年12月13日生效，並自同月15日正式實施，該協議雖訂有稅收互免條文，惟因我方法律程序尚須時間處理，其實施日期將另行確定，故現行大陸地區海運業者在臺灣地區經營兩岸運輸業務之收入，尚無得免納我國營利事業所得稅之規定。有關該稅收互免條文正式實施前過渡時期之所得稅課徵問題，依據財政部98年1月21日台財稅字第09704567240號令規定，大陸地區海運業者或空運業者在臺灣地區經營兩岸運輸業務，其成本費用分攤計算困難者，得按其在臺灣地區承運客貨收入之10%為營利事業所得額，並依臺灣地區與大陸地區人民關係條例第25條規定課徵營利事業所得稅。
該局指出，臺灣地區與大陸地區人民關係條例第25條規定，在臺灣地區有固定營業場所或營業代理人者，應就其臺灣地區來源所得，準用臺灣地區營利事業適用之課稅規定，課徵營利事業所得稅；其在臺灣地區無固定營業場所及營業代理人者，其臺灣地區來源所得之應納稅額，應由扣繳義務人於給付時，按規定之扣繳率扣繳，免辦理結算申報；如有非屬扣繳範圍之所得，應由納稅義務人依規定稅率申報納稅，其無法自行辦理申報者，應委託臺灣地區人民或在臺灣地區有固定營業場所之營利事業為代理人，負責代理申報納稅。