財政部臺北市國稅局表示，因應自98年4月13日起廢止營利事業統一發證制度，公司組織依公司法規定向經濟部辦理公司登記，獨資、合夥組織依商業登記法向縣市政府辦理商業登記，縣市政府將不再核發「營利事業登記證」。
該局說明，廢止營利事業統一發證後之新制，申請設立登記時，公司及獨資、合夥組織者之營業登記，由主管稽徵機關依據公司或商業登記主管機關提供登記基本資料辦理，並視為已依加值型及非加值型營業稅法第28條規定申請辦理營業登記，故營業人於辦妥公司或商業登記後，不必再向國稅局申請營業登記。但營業登記事項變更或營業人解散、廢止、轉讓或與其他營業人合併而消滅者，仍應自事實發生之日起15日內，填具變更或註銷申請書，向登記所在地國稅局申請。
該局提醒公司及獨資、合夥組織之營業人於依公司法或商業登記法向臺北市政府辦理公司或商業登記後，有關營業登記相關附件，如公司組織尚須檢附公司章程、股東名冊等，合夥組織尚須檢附合夥同意書等，該局基於便民考量，仍派駐人員於市府1樓櫃台提供代為收件服務，請營業人多加利用。